En 1527, Jean d’Orléans-Longueville, seigneur de Beaugency, petit-fils de Dunois, futur cardinal, autorise l’édification d’une chapelle, placée sous le patronage de Saint-Claude, en souvenir de son frère.

Reconstruite après les guerres de religion le 25 janvier 1604, elle est à nouveau consacrée en 1806. Agrandie par l’architecte orléanais Pagot en 1868, l’église présente une nouvelle abside orientée au nord.

En 1974, l’église est à nouveau incluse dans la paroisse Notre-Dame de Beaugency.